Mutatsioonid  jagunevad  genoomile  mõjumise  astme  järgi  järgmiselt:

  geenmutatsioonid (e. DNA struktuuri muutused),
  kromosoommutatsioonid (kromosoomide struktuuri muutused),
  genoommutatsioonid (liigi normaalse kromosoomiarvu muutused).