Mutatsioonid jagunevad geeni toime iseloomu järgi järgmiselt:
* Amorfsed mutatsioonid (tingivad tunnuse kadumise)
* Hüpomorfsed (nõrgendavad tunnust)
* Hüpermorfsed (tugevdavad tunnust)
* Antimorfsed (toimivad vastupidises suunas)
* Neomorfsed (tingivad uue tunnuse)